在進一步規范工程總體設計的同時，《指南》對地下廠區、地面層、主要輔助工程、勞動安全與職業衛生、施工與工藝調試及運行維護技術方面均作出了明確要求。
 
以污水處理、再生回用、改善生態環境為目標，《指南》提出地下式污水處理適用于用地緊張、人口稠密或環境敏感區等建設項目用地，并應結合投資成本、占地指標、生態環境要求、水資源綜合利用等綜合考慮。同時，地下式污水處理廠可獨立建設，也可與城市水環境綜合治理工程、生態綜合體等結合建設。
 
在工藝與設備方面，《指南》明確安全可靠、技術先進、造價合理的原則，堅持省占地、少維護、自動化的技術方針。采用分層布置形式，在豎向布置上可分為水處理構筑物層、設備操作層和地面層。尤為值得關注的是，諸如污泥消化池、沼氣罐、柴油發電機房等建筑物應設置在地面層。
 
對于重力流進水的地下式污水處理廠而言，進水端應設施進水速閉閘門和電動閘門雙重安全保障措施。在預處理環節，膜生物處理系統或膜過濾系統前應設置超細格柵，并宜設置在沉砂池或初沉池后，并應根據膜元件或膜組器的類型進行選擇。沉砂池的設計則宜采用高效除砂設備，強化除砂效果，結合進水含砂特征，宜強化對0.1—0.2mm粒徑范圍內砂粒的去除。
 
針對污水脫氮除磷的需求，厭氧—好氧工藝及其改良工藝，包括多級A/O、高效生物膜、膜生物反應器等。生物反應池水深一般值為7.0—8.0m，也可適當加深，具體深度應綜合考慮地質條件、曝氣設備性能確定。生物反應池頂板宜設置用于觀察、取樣及檢修的孔洞，孔洞蓋板應選用熱浸鋅鋼、玻璃鋼等防腐材質。
 
采用二次沉淀池時，宜采用單層或雙層矩形沉淀池。前者進水布置方式宜為周邊進水、周邊出水，表面水力負荷為1.2—1.6m3(㎡·h)，污泥固體負荷不宜大于200kg/(㎡·d)，有效水深宜為4.0—4.5m。雙層矩形平流式二次沉淀池則應充分考慮上、下層進水分配的均勻性。若上層沉淀池采用刮泥方式排泥，應考慮避免上層池體排泥對下層池體配水區的擾動，下層池體配水區前設置擋泥閥板。
 
而采用膜生物反應器時，膜池寬度的確定應考慮柱網兼具及膜組器尺寸。鼓風曝氣系統的曝氣器應選用較高充氧性能、布氣均勻、阻力小、不易堵塞、耐腐蝕、操作管理及維修方便的產品。深度處理工藝應根據不同水質目標選擇，不同工藝單元及其組合形式應進行多方案比較，滿足占地緊湊、運行穩定、經濟合理的要求。當采用混凝沉淀工藝作為深度處理工藝時，宜采用高效沉淀工藝，混合時間為1.0—3.0min。
 
污水宜采用紫外線消毒，必要時可采用次氯酸鈉輔助消毒。污泥的濃縮脫水應在地下廠區內進行，宜采用一體化設備處理。當需要在地下廠區內將污泥脫水至80%含水率時，直接帶式濃縮脫水一體機或離心式濃縮脫水一體機將成為優選。而當需要再地下廠區內將污泥進一步脫水至30%—60%含水率時，宜選擇污泥低溫干化工藝。此外，《指南》對地下式城鎮污水處理廠的除臭設備、噪聲控制、地下箱體等領域均作出了明確要求。